เมื่อโครงการบึงพระราม 9 ดำเนินการไปได้ระดับหนึ่ง พระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร จึงมีพระราชดำริเพิ่มเติมเมื่อวันที่ 15 สิงหาคม พ.ศ. 2531 ให้ปรับปรุงสภาพพื้นที่ และชุมชนใกล้กับโครงการบึงพระราม 9 พร้อมกันนั้นก็ให้จัดตั้งวัดขึ้นในที่ดินใกล้เคียง ซึ่งจวงจันทร์ สิงหเสนี ได้น้อมเกล้าฯ ถวายที่ดินจำนวน 8-2-54 ไร่ และได้รับการอนุญาตให้สร้างวัดจากกรมการศาสนา เมื่อวันที่ 9 สิงหาคม พ.ศ. 2534 พระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ได้พระราชทานนามวัดแห่งนี้ว่า "วัดพระราม ๙ กาญจนาภิเษก" โดยมีสมเด็จพระสังฆราชเจ้า กรมหลวงวชิรญาณสังวร เป็นองค์อุปถัมภ์ฝ่ายสงฆ์ และสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เป็นองค์อุปถัมภ์ฝ่ายฆราวาส ในการนี้ได้แต่งตั้งคณะอนุกรรมการดำเนินงานก่อสร้างวัดพระราม ๙ กาญจนาภิเษกขึ้น โดยมีจริย์ ตุลยานนท์ กรรมการมูลนิธิชัยพัฒนา เป็นประธานคณะอนุกรรมการดำเนินการก่อสร้างวัด ทำหน้าที่ในรับผิดชอบในการดำเนินการก่อสร้างวัดให้เป็นไปตามพระราชประสงค์ คือ เป็นวัดขนาดเล็ก มีลักษณะเรียบง่าย ประหยัด และทันสมัย เป็นศูนย์รวมแห่งจิตใจ และศรัทธา เป็นแหล่งเผยแพร่ความรู้ ทั้งทางศาสนา สังคม และจริยธรรม แก่เยาวชน และประชาชนในชุมชน เพื่อขัดเกลาจิตใจของชุมชนให้มีจิตสำนึกต่อสังคมโดยส่วนรวมอันจะเป็นประโยชน์ต่อประเทศชาติต่อไป ตามพระราชดำรัสของพระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ในการเปิดประชุมยุวพุทธิกสมาคมแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ ครั้งที่ 14 เมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม พ.ศ. 2518 ความตอนหนึ่งว่า

...จุดมุ่งหมายโดยตรงแท้ของศาสนาทั้งปวง และโดยเฉพาะของพระพุทธศาสนามุ่งจะให้บุคคลศึกษาพิจารณาหลักการ และแนวความคิดในศาสนธรรม และน้อมนำมาเป็นที่ยึดเหนี่ยวและปฏิบัติด้วยตนเองตามความสามารถ เพื่อให้เกิดประโยชน์ในการครองชีวิต คือให้เกิดความผาสุก ความร่มเย็น และความเจริญในแต่ละบุคคลในส่วนรวม และให้เกิดความบริสุทธิ์หลุดพ้นอันเป็นปรมัตถประโยชน์ ดังนั้นการบำรุงส่งเสริมพระศาสนาจึงควรจะได้กระทำให้ถูกเป้าหมาย...— พระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร